Remaja

Subotić menjadi salah satu skuad yang dipilih oleh John Hackworth untuk Kejohanan Dunia B-17 FIFA 2005 pada September 2005 yang berlangsung di Peru. Semasa berusia 16 tahun, beliau bermain kesemua perlawnan peringkat kumpulan. Pada suku akhir menentang Belanda, di mana pasuakn AS tewas 2-0 dan tersingkir, beliau telah menerima kad merah pada minit ke-73.

Beliau juga telahpun membuat dua penapilan untuk pasukan bawah-20 Amerika Syarikat. has also made two appearances for the USA U-20 team. Beliau telah dikritik oleh Thomas Rongen, ketua jurulatih selepas tamat perlawanan persahabatan terakhirnya kerana bermain dengan kurang baik. Pada musim panas seterusnya, Rongen tidak memilih beliau untuk bermain di Piala Dunia B-20 2007 di Kanada dan memilih pemain pertahanan lain.

Senior

Subotić boleh memilih sama ada untuk mewakili Amerika Syarikat, Serbia ataupun Bosnia dan Herzegobina. Pada pertengahan Disember 2008, ketua jurulatih pasukan Sebria telah memberikan pilihan kepada Subotić untuk mewakili Serbia. Pada lewat Disember 2008, Subotić telah menotiskan kepada Persekutuan Bola Sepak AS tentang pernyataan beliau untuk pertukaran pasukan ke Serbia.

Pada 28 Mac 2009, Subotić membuat debut untuk pasukan kebangsaan Serbia pada perlawanan kelayakan Piala Dunia 2010 menentang Romania dan Serbia menang 3-2. Beliau memasuki padang pada minit ke-65 menggantikan Marko Pantelić ketika Serbia mendahului 3-1. Pada 10 Jun 2009, Subotić menjaringkan gol pada perlawanan menentang Kepulauan Faroe, 2-0.

Pada kejohanan Piala Dunia FIFA 2010 di Afrika Selatan, beliau tidak diletakkan pada kesebelasan utama pada perlawanan pembukaan kumpulan menentang Ghana kerana Nemanja Vidić dan Aleksandar Luković dilihat pilihan yang sesuai diletakkan di bek tengah. Pada separuh masa kedua, Luković menerima kad kuning kedua dan dibuang padang memaksa jurulatih Antić memasukkan Subotić ke dalam perlawanan dengan baki 14 minit perlawanan.

Selepas Luković digantung satu perlawanan disebabkan kad merah, Subotić bermain pada perlawanan mesti menang menentang Jerman. Permainan yang sengit itu memecah kebuntuan apabila Serbia mendahului 1-0. Antara detik yang mengejutkan adalah tendangan penalti oleh Lukas Podolski dapat diselamatkan oleh Vladimir Stojković. Pada perlawanan terakhir menentang Australia, beliau hanya duduk di bangku simpanan kerana Luković kembali semula ke padang dengan menyaksikan skuad Serbia tersingkir selepas tewas 2-1 dari wakil Asia.

Subotić kembali bermain untuk Serbia di kelayakan UEFA Euro 2012. Selepas jurulatih baru, Dick Advocaat menyenaraikan skuad yang akan bertanding pada pusingan kelayakna menentang Armenia dan Albania, beliau mengumumkan persaraan daripada bola sepak antarabangsa.

Statistik

Gol antarabangsa